Основу материально-технической базы института составляют лаборатории, оснащенные современной исследовательской и электронно-вычислительной техникой, два морских судна, способных осуществлять экспедиции в любые районы Мирового океана, и катер, оснащенный для исследований в заливах Балтийского моря.
Для проведения экспериментальных работ по искусственному воспроизводству морских и пресноводных рыб и других исследований имеется научно-экспериментальная база, расположенная в п. Лесное на Куршской косе.
Научно-технический потенциал института позволяет на современном уровне решать смежные научно-практические задачи по заказам как отечественных, так и зарубежных организаций:
 - проведение морских экспедиционных работ по различным направлениям (акустические, траловые, океанологические, планктонные съемки, изучение рельефа дна и грунтов);
 - услуги по подготовке необходимой справочной информации о состоянии сырьевой базы рыболовства и условиях промысла;
 - услуги по обеспечению промысловых судов оперативными картами распределения океанологических характеристик с указанием возможных мест локализации промысловых скоплений рыб;
 - выполнение широкого спектра аналитических работ в области мониторинга загрязнения водоемов бассейна Балтийского моря и оценка промышленных выбросов загрязняющих веществ в водную среду и атмосферу (лаборатория химического загрязнения вод и гидрохимии аккредитована Госстандартом РФ);
 - выполнение паразитологических анализов рыбопродукции (сектор паразитологии имеет аттестат аккредитации Госстандарта РФ) и оценка паразитологической ситуации в промысловых районах.