Сегодня АтлантНИРО - ведущий научно-исследовательский институт России по изучению сырьевой базы рыболовства в Балтийском море, Атлантическом океане, юго-восточной части Тихого и западной части Индийского океанов. Цель исследований института - создание научных основ рациональной эксплуатации биоресурсов и эффективного их использования на базе современных технологий.

 Здание АтлантНИРО, 2009 год

В институте в настоящее время работает около 350 человек (включая экипажи двух научно-исследовательских судов), в том числе 260 научных сотрудников и инженеров, 51 имеет ученую степень. Общее руководство научно-исследовательской и хозяйственной деятельностью института осуществляется его директором, который непосредственно подчиняется Федеральному агенству по рыболовству. 
Научно-исследовательская деятельность института осуществляется в двух направлениях: биологическом и технологическом. В состав биологического направления входят подразделения, специалисты которых исследуют эксплуатируемые и перспективные объекты рыболовства, изучают среду их обитания. Институт участвует в программах международных организаций ФАО, НАФО, ИКЕС, АНТКОМ, ИККАТ, КЕСАФ и др.