Отдел специсследований проводит работы в области гидрохимии и загрязнения водоемов, промышленного рыболовства, гидробиологии, паразитологии, электронной техники морских исследований, а также производит математическое обеспечение оценки запасов.

В состав отдела специсследований входят:

• Лаборатория электронной техники морских исследований
• Лаборатория гидробиологии
• Сектор паразитологии и болезней рыб
• Лаборатория промышленного рыболовства
• Лаборатория гидрохимии и загрязнения водоемов
• Сектор математического обеспечения оценки запасов
• Сектор экспериментальной ихтиологии 

Курирует отдел специсследований первый заместитель директора, к.б.н. СУШИН ВЯЧЕСЛАВ АЛЕКСАНДРОВИЧ; контактная информация: тел.(4012) 925 414, (4012) 216 683