Отдел специсследований проводит работы в области гидрохимии и загрязнения водоемов, промышленного рыболовства, гидробиологии, паразитологии, электронной техники морских исследований, а также производит математическое обеспечение оценки запасов.

В состав отдела специсследований входят:

- Лаборатория электронной техники морских исследований

- Лаборатория гидробиологии

- Сектор паразитологии и болезней рыб

- Лаборатория промышленного рыболовства

- Лаборатория гидрохимии и загрязнения водоемов

- Сектор математического обеспечения оценки запасов

- Сектор экспериментальной ихтиологии 

Курирует отдел специсследований первый заместитель директора, к.б.н. СУШИН ВЯЧЕСЛАВ АЛЕКСАНДРОВИЧ; контактная информация: тел.(4012) 925 414, (4012) 216 683